Modugno, il più importante dei feudi pugliesi dopo Bari, fu ricevuto da Isabella nel 1500 insieme a Bari e a Palo. Sin da subito la cittadinanza dimostrò grande affetto verso la futura regina di Polonia tanto che all’annuncio delle nozze con il re Sigismondo partecipò alla dote con una sostanziosa donazione di 300 ducati.

Bona, consapevole dell’affetto nutrito nei suoi confronti, nel 1518, quando era ancora duchessa la madre Isabella, appena divenuta regina, partecipò al restauro della chiesa parrocchiale di Maria Santissima Annunziata con una cospicua somma di denaro. La chiesa, che prospetta sulla piazza del Popolo, ha una facciata rinascimentale, mentre l’ampio presbiterio presenta una divisione a tre navate che ricorda l’antica struttura gotica. Sul fianco destro della zona absidale si erge l’elegante campanile che, costruito nel’500 in forme romaniche, imita quella del campanile di Palo del Colle. Nella stessa piazza, poco distante, sorge l’elegante Palazzo Pascale, in stile rinascimentale, fatto costruire dal primicerio Vito Pascale, segretario della regina Bona Sforza. Sempre per volere della regina sorsero nei pressi della chiesa di San Eligio (poi San Giuseppe o Monacelle) l’ospedale per i poveri, nelle cui vicinanze si svolgeva anche un mercato di 8 giorni, e appena fuori delle mura, sulla via per Carbonara, venne scavato un pozzo per ovviare ai periodi di siccità. Nel 1522 furono costruiti dei canali per il deflusso delle acque.

La regina Bona fu amata dai modugnesi per il suo buon governo e si adoperò sempre per proteggerli dagli abusi del clero come del capitano. I suoi abitanti, da un lato, erano afflitti dal problema dello sconfinamento degli animali di proprietà del Capitolo della chiesa locale, che fu punito per tale incuranza, dall’altro dai soprusi del capitano il quale, essendo stato proibito di far richiesta di donazioni alla popolazione, ordinò carcerazioni illegittime per ottenere ingiuste cauzioni in conseguenza delle quali la regina ordinò la scarcerazione dei malcapitati.

Il feudo minore di Modugno dovette difendersi anche dalle pretese avanzate da Bari, capitale del ducato, tanto che i suoi abitanti, sempre grati alla regina per l’interesse dimostrato, le rivolsero la supplica di “non essere vassalli d’altri che di Sua maestà”.

Alla morte della regina Bona Modugno passò in mano alla corona di Spagna e nel 1558 fu venduta al viceré di Sicilia García Álvarez de Toledo y Osorio cui, poco dopo, andò anche Palo del Colle.